Aber trotz all dieser Vorteile können die Sicherheitsfragen, die diese neuen Netze aufwerfen nicht unbeachtet bleiben. Bei einem Datenaustausch über ein öffentliches Netz, wie dem Internet, besteht immer die Gefahr von Angriffen. Es ist also immer nötig, die Daten zu verschlüsseln und die Zugangspunkte zu den VPNs abzusichern.
Hier zeigt sich, wo zur Zeit noch die Schwächen der bestehenden VPN-Implementierungen liegen. Eine Betrachtung der auf dem Markt befindlichen Protokolle erweckt den Eindruck, daß jeder Hersteller seine eigenen Verschlüsselungsalgorithmen, Schlüsselaustausch- und Benutzeridentifizierungsverfahren verwendet. Die Kompatibilität scheint dabei unbeachtet zu bleiben. Und tatsächlich ist diese Inkompatibilität der Systeme das Argument, das heute viele Unternehmen vom Einsatz moderner VPN-Lösungen abhält.
Die aussichtsreichsten Anwärter als VPN-Standards sind PPTP und IPSec. Viele Experten bescheinigen vor allem IPSec beste Zukunftschancen im Hinblick auf die bevorstehende Einführung von IPv6.